藏醫(yī)藥基礎領域的研究涉及藏醫(yī)文獻整理與研究、基礎理論介紹與探討等方面，內(nèi)容豐富。共有2部專著出版，40余篇論文發(fā)表。

貢卻堅贊主編的《藏醫(yī)藥學科研設計與方法》由民族出版社出版，系青海大學藏醫(yī)藥學專業(yè)研究生試用系列教材，主要介紹了藏醫(yī)藥科學研究的常用設計與方法。白張編著的《藏醫(yī)神經(jīng)解剖學概論》由西藏人民出版社出版，系統(tǒng)介紹了藏醫(yī)對人體神經(jīng)解剖系統(tǒng)的科學認識。

藏醫(yī)文獻整理與研究方面，共有8篇論文：蘭杰等的《〈大藏經(jīng)〉醫(yī)學理論及其與蒙醫(yī)學淵源關系的述評》（《內(nèi)蒙古醫(yī)學院學報》第6期）一文，根據(jù)清代末期印行的頻伽精舍?？尽洞蟛亟?jīng)》中秘密藏、雜藏和小乘經(jīng)等經(jīng)文中涉及的醫(yī)學理論和臨床治療內(nèi)容，描述其醫(yī)學理論的全貌，以及對蒙醫(yī)學形成與發(fā)展的影響，為讀者了解《大藏經(jīng)》的醫(yī)學理論和觀點提供了文獻支持。拉毛才讓的《與藏醫(yī)古籍整理有關的幾個問題略談》（《中國藏醫(yī)藥》第1期），提出了藏醫(yī)古籍文獻整理亟待解決的五個問題：藏醫(yī)古籍數(shù)量的確定；古籍文獻的年代界定；藏醫(yī)古籍整理的演變和發(fā)展歷程；古籍整理的定義、內(nèi)容和方法；古籍整理發(fā)行的重要性。陳德道等的《藏藥“生等”的基原與臨床應用之文獻調(diào)查》（《中國中藥雜志》第20期）和《藏藥“桑蒂”基原與臨床應用的文獻研究》（《西部中醫(yī)藥》第4期），通過檢索文獻資料對藏藥“生等”和“桑蒂”的基原、代用品來源、資源、化學成分、臨床應用歷史與現(xiàn)狀進行文獻考證研究。董燕飛等的《〈中國藥典〉藏藥成方制劑的不良反應文獻分析》（《云南中醫(yī)學院學報》第4期），檢索2010版《中華人民共和國藥典》收錄的20種藏成方制劑的不良反應臨床相關文獻，共收集到20種藏成方制劑的不良反應相關文獻51篇，對資料進行整理和分析后的結論認為，部分藏成方制劑可引起不良反應，偶見過敏反應，建議臨床使用過程中引起重視。杜玉華等的《廣東、海南及港澳地區(qū)藏藥古籍文獻的普查》（《中國民族民間醫(yī)藥》第8期），查閱了廣東、海南及港澳地區(qū)的各級各類圖書館、博物館、寺廟圖書目錄，未發(fā)現(xiàn)有關藏醫(yī)古籍紙質(zhì)版的收藏之跡。還有2篇碩士學位論文：尕藏扎西的《工竹札記的診治特點研究》（青海大學碩士學位論文），采用文獻資料研究和實地考察相結合的方法，探討分析了藏醫(yī)臨床典籍《工竹札記》的診治特點和應用現(xiàn)狀；劉斌的《云南民族醫(yī)藥治療肝病的文獻收集整理研究》（云南中醫(yī)學院碩士學位論文）采取文獻研究為主、實地調(diào)研為輔的研究方法，較全面地收集云南民族醫(yī)藥治療肝病的文獻資料，對云南民族醫(yī)藥治療肝病的基礎理論（主要為傣醫(yī)、藏醫(yī)、彝醫(yī)）以及云南民族醫(yī)藥治療肝病的單驗方及藥物進行了收集整理研究。

對藏醫(yī)理論的介紹和探討方面的論文相對較多，主要集中于生理、病理、診斷、文獻、藏藥理論等方面，共有30余篇。傳統(tǒng)的藏醫(yī)理論知識介紹類論文，如平康尼瑪次仁的《淺談藏藥的服法》（《中國藏醫(yī)藥》第1期）、彭毛多杰等的《略論藏醫(yī)學對尿診的認識》（《中國藏學》第4期）、次仁的《淺談藏醫(yī)藥浸?。厝八幵。┋煼ǖ奶厣隘熜А罚ā段鞑乜萍肌返?1期）、次仁德吉等的《淺談藏醫(yī)學對人體健康與壽命的認識》（《西藏科技》第12期）、冰瓊等的《淺談藏醫(yī)保健學》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第5期）、澤翁擁忠的《淺析藏醫(yī)三因?qū)W說》（《中國民族民間醫(yī)藥》第10期）等。藏醫(yī)基礎理論探討和考證類的論文，如卡著措的《隆病、白脈病及星曜?。ㄖ酗L）癥狀對比研究》（《中國藏醫(yī)藥》第1期）、措吉的《“癘”的詞義及癘病解析》（《中國藏醫(yī)藥》第3期）、普措多杰的《藏醫(yī)學典籍所述五根風研究》（《中國藏學》藏文版第3期）、白瑪羅布的《傳統(tǒng)藏醫(yī)學對“隆”病的認知及診療特色》（《中國藏學》第4期）、次仁德吉《藏醫(yī)腫瘤病因?qū)W研究》（《西藏研究》藏文版第4期）、南加太的《探討藏醫(yī)病機學的生理與病理特性》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第10期）、次仁央金的《藏醫(yī)養(yǎng)生保健的初步研究》（《中國民族民間醫(yī)藥》第18期）等。3篇論文屬于藏醫(yī)學與其他醫(yī)學的比較研究，包括劉連續(xù)等的《中蒙藏醫(yī)在飲食營養(yǎng)衛(wèi)生學方面的貢獻》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第3期）、卓瑪草的《如何認識藏醫(yī)疫病與現(xiàn)代免疫學之差異》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第3期）、李杰的《中藏醫(yī)體質(zhì)學內(nèi)涵比較研究》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第10期）。值得一提的是，有3篇論文探討了現(xiàn)代醫(yī)學科研方法或其他學科方法在藏醫(yī)領域的應用前景，如李杰的《藏醫(yī)尿診與代謝組學關系研究的探討》（《中國民族醫(yī)藥雜志》第4期），認為藏醫(yī)尿診是一個既獨特又具有科學價值的診斷方法，但缺乏微觀化的研究，將代謝組學技術應用于藏醫(yī)的尿診研究，進行藏醫(yī)傳統(tǒng)尿診理論與代謝組學的比較研究，力爭在整體的前提下又做到精細測量，不僅能夠提升藏醫(yī)尿診的科學價值，進而與藏醫(yī)理論緊密聯(lián)系，有可能為藏醫(yī)理論的客觀化、定量化開辟一條嶄新的途徑。才讓南加等的《數(shù)據(jù)挖掘技術在藏藥方劑配伍規(guī)律研究中的應用思考》（《中國中藥雜志》第16期）借鑒中藥方劑配伍規(guī)律和相關領域的研究方法，結合藏醫(yī)藥學自身的特點，首次提出通過數(shù)據(jù)挖掘技術研究藏藥方劑配伍規(guī)律的研究思路與方法，認為數(shù)據(jù)挖掘技術能幫助研究者在不背離藏醫(yī)藥自身理論框架的前提下發(fā)現(xiàn)藏藥方劑的配伍規(guī)律和思路。貢卻堅贊的《論藏醫(yī)藥研究中應用因明學因果論的必要性》（《中國藏醫(yī)藥》第4期），提出藏醫(yī)藥研究在適當引用西醫(yī)科研方法的同時，也可與傳統(tǒng)的因明學因果論相結合，從而更有利于研究的深入。